Für viele Jahre war die Galaxie ein friedlicher Ort. Nach dem erbarmungslosen Krieg zwischen Terranern und der Hegemonie haben alle größeren raumfahrenden Spezies große Anstrengungen unternommen, um zu verhindern, dass die Ereignisse sich wiederholen. Dennoch wachsen die Spannungen unter den sieben größeren Spezies und im Galaktischen Rat. Eine Konfrontation scheint unausweichlich.
In Eclipse werden die Spieler zu den Anführern riesiger, interstellarer Zivilisationen und ringen mit ihren Rivalen in acht Runden um die Vorherrschaft der Galaxie. In jeder Runde vergrößern die Spieler ihre Zivilisation, indem sie neue Raumsektoren erkunden und kolonialisieren, Technologien erforschen und ihre Raumflotte ausbauen. Nach der achten Runden gewinnt, wer durch gewonnene Kämpfe, diplomatische Bündnisse, die Kontrolle über Sektoren und Monolithe, Entdeckungen und technologische Errungenschaften die meisten Punkte sammeln konnte.